El Centro de Producción e Investigaciones Agroindustriales (CEPIA) desarrolla las siguientes líneas de investigación:

• Calidad e Inocuidad Alimentaria: Determinación de agentes infecciosos en alimentos, Evaluación de desinfectantes en productos vegetables.
• Diseño de nuevos Productos Agroindustriales: Desarrollo de productos deshidratados y rehidratados a partir de frutas, hortalizas, raíces y tubérculos; Diseño, optimización e implementación de procesos para productos agroindustriales, Evaluación de empaques de nuevos productos.
• Estudio Integral de Sistemas Agroindustriales: Análisis de sistemas agroindustriales, Diagnósticos del sector agroindustrial, Diagnósticos tecnológicos cuantitativos, Estudios de mercado de productos agroindustriales, Estudios de caso y construcción de modelos explicativos.
• Normativa Técnica y Sanitaria de Alimentos: Análisis de la normativa  nacional de alimentos.
• Desarrollo y Producción de Biocombustibles: Biodiesel, Biogás, Combustión directa y Generación de otros combustibles.
• Procesamiento y Aprovechamiento de Residuos: Aprovechamiento de Residuos Agroindustriales, Productos de alto valor agregado derivados de desechos agroindustriales.

Las investigaciones del CEPIA, se desarrollan con fondos de la Universidad Tecnológica de Panamá y con fondos externos que provienen principalmente de la Secretaría Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SENACYT) y de otros organismos e instituciones nacionales e internacionales.

• Proyectos en ejecución: Son los proyectos con indicación de proceder y los que muestran avances.
• Proyectos terminados: Los proyectos finalizados y con resultados publicados.